سپس آماده سفر به نجف اشرف شد و از ذخاير گران سنگ آن حوزه بهره برد. اساتيد بنام و معماران علمي و معنوي «كني» در حوزه نجف عبارت بودند از: شيخ محمد حسن نجفي معروف به صاحب جواهر (متوفي 1266 ق.)، شيخ حسن كاشف الغطاء (متوفي 1262 ق.) شيخ مشكور حولاوي نجفي (متوفي 1273 ق.).

در كنار حوزه نجف، حوزه علميه كربلا نيز جايگاه پرورش دانش طلبان بود. شيخ علي كني در جوار آستان مقدس حضرت امام حسين ـ عليه السّلام ـ از محضر دو استاد برجسته‌اي چون شريف العلماء مازندراني (متوفي 1245 ق.) و سيد ابراهيم قزويني معروف به صاحب ضوابط (متوفي 1262 ق.) كسب فيض كرد و دوره عالي فقه و اصول را گذراند.

ملاعلی کنی پس از سالها تلاش و کوشش در راه فراگیری فقه و اصول، که سختیهای بسیاری را نیز برای او به دنبال داشت، سرانجام به مقام اجتهاد و استنباط احکام دینی رسید.
استادش شیخ محمدحسن صاحب جواهر برفراز منبر درس و در میان صدها شاگرد به اجتهاد او و سه تن از محصلان کوشای دیگر تصریح نمود.

ملا علی کنی در سال 1262 هـ. ق عراق را ترک گفت و وارد ایران شد. او پس از انجام زیارت مشهد، راهی تهران شد.

هر روز که از حضور حاجی کنی در شهر تهران می گذشت، شناخت مردم از او بیشتر می شد و از آنکه مجتهد جامع الشرایطی – که مدتها در عتبات مقدس و نزد استوانه ای علمی چون صاحب جواهر تحصیل کرده بود – در میانشان است، مباهات کرده، حضور او را نعمتی الهی می دانستند.

به دلیل افزایش مراجعات و وسعت و فزونی مقلدان و بنا به درخواست آنان، سرانجام در سال 1271 ق رساله علمیه آن فقیه پارسا به چاپ رسید.

ملاعلی کنی هر چند مرجع تقلید بسیاری از مردم ایران بخصوص اهالی تهران بود، لیکن از مطرح شدن خود در مقابل مرجعیت شیخ مرتضی انصاری خودداری می کرد و در جواب اعتراض کنندگانی که می گفتند چرا گوشه نشینی کرده، از تصدی مرجعیت عموم شیعیان خودداری می کنید، می فرمود:
«زهد مرتضی بود که علی را خانه نشین کرد.»
منظور حاجی از بیان جمله فوق آن بود که زهد شیخ انصاری آنقدر زیاد است که من در مقابل او مطرح نیستم.

گنجينة پربار حاجي كني به قرار زير است:


ارشاد الأمّه،

 ايضاح المشتبهات،

 تحقيق الدلائل في شرح تلخيص المسائل (شامل مباحث مستقلي چون كتاب البيع، كتاب الخيارات،

 كتاب القضاء و كتاب الشهادات،

 كتاب الطهارة و كتاب الصلاة،

 تلخيص المسائل،

توضيح المقال في علم الدراية و الرجال، حاشيه بر قواعد،

 رساله‌اي در استصحاب،

رساله‌اي در اوامر و نواهي،

 رساله‌اي در مفاهيم و مواعظ حسنه

سرانجام، در بامداد ۲۷ محرم ۱۳۰۶ در سن ۸۶ سالگی چشم از جهان فروبست، مدفن او در شهرری، در باغ طوطی (صحن شاه‌عبدالعظیم) است.

منابع :http://www.salehin.com/fa/salehin/hekayat/kani/index.htm

        ويكي پديا